Podczas wojny z wioską Konoha stracił rodziców, co było powodem przeżytej traumy. Wtedy też uaktywnił się jego kekkei genkai – oczy Rinnegan.Wraz z innymi sierotami, Konan i Yahiko, postanowił nauczyć się technik ninja. Ich nauczycielem został Jiraiya. Trening trwał trzy lata. Za młodu Nagato (Pain) był płaczliwym i nieśmiałym dzieckiem. Nagato urodził się w biednej rodzinie w Kraju Deszczu, podczas drugiej Wielkiej Wojny Ninja. Pewnego dnia dwaj ninja z Konohy weszli do domu Nagato. Chłopak wraz z rodzicami schował się w ciemnym kącie pokoju. Kiedy zamierzali uciec, Nagato zrzucił ze stołu porcelanowy wazon, który tłukąc się zwrócił uwagę shinobich. Ojciec chłopca rzucił się na Shinobi Konohy i szarpał się z nimi, każąc rodzinie uciekać. Ojciec i matka Nagato zostali zabici na jego oczach. Shinobi z Konohy zauważył, że ci ludzie nie byli wrogami i chciał przeprosić chłopca. Nie zdążył jednak, gdyż Nagato w szale zabił agresorów Rinneganem. Posiada on tytuł lidera Akatsuki który jest tylko przykrywką dla prawdziwego władcy Tobi'ego.
Posiada maszynę z sześcioma ciałami, przez którą może przenosić swój umysł. Ciała te noszą nazwę "Sześć światów" :
- "Świat Bogów (niebo)" – pierwotnie należało do Yahiko. Służy do kontaktowania się z innymi członkami organizacji oraz umożliwia kontrolowanie pogody. Posiada umiejętność przyciągania i odpychania materii. Otacza je aura czakry, która odbija wszystkie ataki. Inicjuje i nadzoruje technikę pieczętującą Dziewięciu Pieczęci Smoka Iluzji. Potrafi kontaktować się z pozostałymi członkami organizacji za pomocą telepatii.
- "Świat Zwierząt" – umożliwia wykonywanie techniki przywołującej (Kuchiyose no Jutsu).
- "Świat Głodnych Duchów"– umożliwia pochłanianie ninjutsu i odbieranie czakry przeciwnikom.
- "Świat Ludzi" ( – wyspecjalizowane jest w taijutsu oraz umożliwia czytanie w myślach ludzi i wyrywanie duszy z ciała.
- "Świat Aśurów" – umożliwia wystrzeliwanie rakiet z rąk oraz posiada działko w głowie. Ma trzy twarze, sześć rąk i ogon przypominający wielką piłę.
- "Świat Piekieł" – umożliwia przywrócenie do życia każdego z ciał oraz korzysta z technik genjutsu.
Wszystkie ciała Paina łączą trzy elementy:
Sam Nagato przebywa niedaleko pozostałych ciał i kontroluje je. Nagato który kontrolował ciała zginął z powodu wykończenia spowodowanego ożywieniem wszystkich przez niego zabitych mieszkańców Konohy.
